宇宙世纪0079、地球连邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン军の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦舰の残骸が无数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯电したデブリによって絶えず稲妻が闪くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで构成された地球连邦军所属部队、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の夺还を悲愿とし、宙域のジオン军を歼灭せんとしていた。连邦の进军を足止めせんとするジオン军も、义肢兵の戦闘データ採取を目的に设立されたリビング・デッド师団を展开。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束缚される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、过去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド师団でエーススナイパーとして活跃するダリル・ローレンツは、戦场で対峙した时、互いに悟るのだった。ふたりは、杀し合う宿命なのだと……。